Esta línea de investigación se centra en el estudio de peces y moluscos, abarcando los siguientes aspectos clave: trazabilidad de alimentos, elaboración de cariotipos, caracterización de stocks de reproductores en acuicultura, identificación de especies, determinación de variabilidad genética poblacional, detección de daño genético (bancos de esperma y causado por contaminantes), mapeo físico de genes, elaboración de mapas genéticos integrados, evolución cromosómica, conservación de recursos genéticos y expresión génica.

Para ello, se emplean diversas técnicas moleculares como la clonación y secuenciación de genes (Sanger y NGS), así como microscopía óptica, de fluorescencia y confocal. También se realizan técnicas de citogenética molecular (FISH) y transcriptómica.

Se ha trabajado con una amplia variedad de especies de peces y moluscos, aunque actualmente los esfuerzos y resultados principales se dirigen al estudio del lenguado (Solea senegalensis) y la ostra (Crassostrea angulata).