La línea de Calidad Ambiental evalúa la calidad de ecosistemas litorales y el riesgo ambiental que suponen para ellos, las fuentes puntuales y difusas de contaminación antropogénica, utilizando una metodología integrada que abarca de forma interdisciplinar diferentes áreas de estudio: análisis de contaminantes; determinación de la toxicidad aguda y crónica de compuestos, efluentes y mezclas complejas mediante diferentes respuestas en distintos grupos taxonómicos; y evaluación de la exposición y riesgo para la salud humana.

Los efluentes de vertidos de aguas residuales urbanas e industriales, las escorrentías agrícolas a los cursos de agua y la deposición atmosférica en los sistemas acuáticos incorporan patógenos, nutrientes y compuestos contaminantes que alteran considerablemente la calidad de los ecosistemas costeros y marinos. Desde hace décadas se estudian los niveles y efectos, destino y comportamiento de estos contaminantes en aguas, sedimentos y biota. Sin embargo, esta investigación está en continua renovación ya que cada vez son más sensibles los métodos analíticos y más bajos los límites de detección de los compuestos, la mejora en las técnicas de evaluación de contaminantes sobre la biota, y por supuesto, la continua generación de nuevas sustancias que finalmente alcanzan los ecosistemas acuáticos, justifican la renovación continua de las normas medioambientales, el estudio del comportamiento, efecto y la monitorización ambiental de los efluentes y de los tradicionales contaminantes (materia orgánica, nutrientes, metales pesados, PAHs, compuestos organoclorados, etc.) y de los denominados como contaminantes emergentes (ej. fármacos, microplásticos y nanomateriales) En esta línea de “Calidad Ambiental” además se estudia el efecto de las descargas de aguas subterráneas al medio costero, los denominados estuarios submarinos, los cuales pueden ser una fuente importante de nutrientes en el medio marino, ya que no es infrecuente que los acuíferos que tienen cultivos en superficie estén afectados por los fertilizantes. Esto provoca que en ocasiones, la descarga de esta agua subterránea rica en N, P y K provenientes de dichos fertilizantes, sea responsable de blooms costeros, que muchas veces se han considerado de origen indeterminado.

Esta línea por tanto es clave para el estudio del estado de los ecosistemas costeros y marinos desde un punto de vista de la aplicación de las grandes normativas ambientales internacionales que actualmente se aplican para los usos y para la protección de los ecosistemas acuáticos.